debian/0000755000000000000000000000000011675301023007164 5ustar debian/README.Debian0000644000000000000000000000111311416557103011226 0ustar acedb for Debian ---------------- To package ACEDB is a long term project that will grow with demands. The initial packager was only interested in a very small subset, i.e. the relatively small tools belvu, dotter and efetch, and has not the slightest understanding of the rest. If there is not a sudden raise of an ACEDB community eager to extend this packaging effort, or other packages demanding parts of it, the remaining gems shall remain hidden in the source tree. Whoever feels like it please go ahead. -- Steffen Moeller Mon, 17 Aug 2009 14:39:57 +0200 debian/upstream-metadata.yaml0000644000000000000000000000042211421005145013457 0ustar Homepage: http://www.acedb.org/ Name: dotter Reference: Author: E.L.L. Sonnhammer, R. Durbin Title: A dot-matrix program with dynamic threshold control suited for genomic DNA and protein sequence analysis. Journal: Gene Volume: 167 Number: 2 Pages: GC1-10 Year: 1995 debian/acedb-other-dotter.install0000644000000000000000000000001711416557103014233 0ustar usr/bin/dotter debian/source/0000755000000000000000000000000011430073126010463 5ustar debian/source/format0000644000000000000000000000001411430022451011664 0ustar 3.0 (quilt) debian/acedb-other.manpages0000644000000000000000000000002011416557103013053 0ustar debian/efetch.1 debian/dirs0000644000000000000000000000002111242522465010046 0ustar usr/bin usr/sbin debian/README.source0000644000000000000000000000027211416557103011351 0ustar * belvu now understands '-h' as a request for help * dotter and efetch now understand --help Removed these Non-free IETF RFCs from source tree: ./wmd5/rfc1321.txt ./wmd5/rfc2617.txt debian/copyright0000644000000000000000000000777111667613730011147 0ustar Format: http://dep.debian.net/deps/dep5/ Source: ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/acedb/SUPPORTED/ Files: * Upstream-Authors: Andreas Stolcke Clive Brown Cornel Lee Cyrus Harmon Darren Platt Dave Matthews David Koblas David Rowley Detlef Wolf Ed Griffiths (edgrif@sanger.ac.uk> Erik Sonnhammer (previous addresses found in code: esr@sanger.ac.uk, Erik.Sonnhammer@cgb.ki.se) Fred Wobus Guy Decoux Ian Longden Jean Thierry-Mieg (mieg@mrc-lmb.cam.ac.uk) (also found in the code: mieg@ncbi.nlm.nih.gov, mieg@kaa.cnrs-mop.fr, mieg@kaa.crbm.cnrs-mop.fr) Jo Dicks Jonathan Hodgkin Lincoln Stein (Whitehead) Mark Martin Marcel Wijkstra Martin Senger (outdated address found in code: m.senger@dkfz-heidelberg.de) Neil Laister (nl1@mrc-lmb.cam.ac.uk) Petr Kocab Phil Grene Richard Bruskiewich (also found in code: bruskiewich@cgiar.org) Richard Durbin (previous/alternative addesses found in code: rd@mrc-lmb.cam.ac.uk, rd@sanger.ac.uk, rdurbin@demon.co.uk) Rob Clack Simon Kelley (srk@sanger.ac.uk> Stan Letovsky Stefan Wiesmann Tom Boutell Ulrich Sauvage Copyright: (C) 1991-1999 Sanger Centre, UK Jean Thierry-Mieg Richard Durbin Simon Kelley (C) 1997- CRBM du CNRS, France Jean Thierry-Mieg (C) 1997- Karolinska Institute Erik Sonnhammer (C) 1997- University of Stockholm Erik Sonnhammer (C) 1996 Whitehead Lincoln Stein (C) 1994 European Data Resource, 1994 Detlef Wolf (D.Wolf@dkfz-heidelberg.de) (C) 1995 UBC, Canada Richard Bruskiewich With no current employments MRC LMB, UK, Richard Durbin (now Sanger Center) License: GPL-2+ All code is offered at either the GNU Lesser Public License (LGPL) or the GNU Public License (GPL) version 2 or later. Libraries are offered under the terms of the LGPL, while applications are put under the GPL. Deviations from that rule are indicated in the respective source code. Comment: On Debian systems, the GPL is available at `/usr/share/common-licenses/GPL-2'. The LPGL is available as `/usr/share/common-licenses/LGPL-2'. Files: wdm5/md5* Copyright: (C) 1991-2, RSA Data Security, Inc. Created 1991. All rights reserved. License: RSA License to copy and use this software is granted provided that it is identified as the "RSA Data Security, Inc. MD5 Message-Digest Algorithm" in all material mentioning or referencing this software or this function. . License is also granted to make and use derivative works provided that such works are identified as "derived from the RSA Data Security, Inc. MD5 Message-Digest Algorithm" in all material mentioning or referencing the derived work. . RSA Data Security, Inc. makes no representations concerning either the merchantability of this software or the suitability of this software for any particular purpose. It is provided "as is" without express or implied warranty of any kind. . These notices must be retained in any copies of any part of this documentation and/or software. Files: debian/* Copyright: (C) 2009 Steffen Moeller License: GPL-3 The Debian packaging is licensed under the GPL version 3, see `/usr/share/common-licenses/GPL-3'. debian/rules0000755000000000000000000000570411650214122010246 0ustar #!/usr/bin/make -f # -*- makefile -*- # Uncomment this to turn on verbose mode. #export DH_VERBOSE=1 # This has to be exported to make some magic below work. export DH_OPTIONS DEB_HOST_GNU_TYPE ?= $(shell dpkg-architecture -qDEB_HOST_GNU_TYPE) DEB_BUILD_GNU_TYPE ?= $(shell dpkg-architecture -qDEB_BUILD_GNU_TYPE) include /usr/share/quilt/quilt.make DEB_BUILD_ARCH_CPU ?= $(shell dpkg-architecture -qDEB_BUILD_ARCH_CPU) ifneq (,$(filter $(DEB_HOST_ARCH_CPU), amd64 alpha ia64 s390x ppc64 sparc64)) export ACEDB_MACHINE=LINUX_4 else export ACEDB_MACHINE=LINUX_64 endif configure-stamp: patch ln -sf bin.$(ACEDB_MACHINE) bin touch $@ #Architecture build: build-arch build-indep build-arch: build-arch-stamp build-arch-stamp: configure-stamp # Add here commands to compile the arch part of the package. $(MAKE) tools other touch $@ build-indep: build-indep-stamp build-indep-stamp: configure-stamp # Nothing to be done for indep - for now. #$(MAKE) doc touch $@ clean:: unpatch dh_testdir dh_testroot rm -f build-arch-stamp build-indep-stamp configure-stamp rm -fr bin.$(ACEDB_MACHINE) #$(MAKE) clean dh_clean bin install: install-indep install-arch install-indep: # Nothing to be done for indep - for now. #dh_testdir #dh_testroot #dh_prep -i #dh_installdirs -i #dh_install --autodest -i install-arch: dh_testdir dh_testroot dh_prep -s dh_installdirs -s if [ ! -d debian/tmp/usr/bin ]; then mkdir -p debian/tmp/usr/bin; fi cp -d `find bin/ -type f -a -executable` debian/tmp/usr/bin dh_install --autodest -s # Must not depend on anything. This is to be called by # binary-arch/binary-indep # in another 'make' thread. binary-common: dh_testdir dh_testroot dh_installchangelogs dh_installdocs dh_installexamples dh_installmenu dh_installman dh_link dh_strip dh_compress dh_fixperms dh_makeshlibs dh_installdeb dh_shlibdeps dh_gencontrol dh_md5sums dh_builddeb # Build architecture independant packages using the common target. binary-indep: build-indep install-indep # Nothing to do for indep #$(MAKE) -f debian/rules DH_OPTIONS=-i binary-common # Build architecture dependant packages using the common target. binary-arch: build-arch install-arch $(MAKE) -f debian/rules DH_OPTIONS=-s binary-common binary: binary-arch binary-indep .PHONY: build clean binary-indep binary-arch binary install install-indep install-arch configure get-orig-source UPSTREAMVERSION=4.9.39 ATTEMPTNO=01 get-orig-source: mkdir -p ../tarballs && \ cd ../tarballs && \ fname=ACEDB-source.$(UPSTREAMVERSION).tar.gz && \ dname=acedb_$(UPSTREAMVERSION)+dfsg.$(ATTEMPTNO) && \ if [ -r "$$fname" ]; then \ echo "File '$$fname' already exist, not downloading again." ; \ else \ wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/acedb/SUPPORTED/$${fname} ; \ fi && \ mkdir $$dname && \ ( \ cd $$dname && \ tar -xzvf ../$$fname \ ) && \ rm -f $$dname/wmd5/rfc* && \ find $$dname -name CVS | xargs -r rm -rf && \ tar czvf $${dname}.orig.tar.gz $$dname && \ rm -rf $$dname debian/patches/0000755000000000000000000000000011650351675010626 5ustar debian/patches/belvu_help.patch0000644000000000000000000000321111242522465013763 0ustar --- acedb-4.9.39.orig/w9/belvu.c +++ acedb-4.9.39/w9/belvu.c @@ -4914,7 +4914,8 @@ output_probs = 0, init_tree = 0, only_tree = 0, - show_ann = 0; + show_ann = 0, + show_help = 0; float makeNRinit = 0.0, init_rmEmptyColumns = 0.0, @@ -4926,7 +4927,7 @@ int optc; extern int optind; extern char *optarg; - char *optstring="ab:Ccgl:L:m:n:O:o:PpQ:q:RrS:s:T:t:uz:"; + char *optstring="ab:Ccghl:L:m:n:O:o:PpQ:q:RrS:s:T:t:uvz:"; static char *cc_date = #if defined(__DATE__) @@ -4988,6 +4989,8 @@ -t Set window title.\n\ -g Draw grid line (for debugging).\n\ -u Start up with uncoloured alignment (faster).\n\ + -h Show this help.\n\ + -v Show version info.\n\ \n\ Some X options:\n\ -acefont <font> Main font.\n\ @@ -5011,6 +5014,7 @@ case 'C': saveCoordsOn = 0; break; case 'c': verbose = 1; break; case 'g': gridOn = 1; break; + case 'h': show_help = 1; break; case 'l': colorCodesFile = messalloc(strlen(optarg+1)); strcpy(colorCodesFile, optarg); break; @@ -5089,11 +5093,15 @@ case 't': strncpy(Title, optarg, 255); break; case 'u': colorRectangles = 0; break; + case 'v': + fprintf(stderr,"%s",belvuVersion); + exit(1); + break; case 'z': saveSeparator = *optarg; break; default : fatal("Illegal option"); } - if (argc-optind < 1) { + if (argc-optind < 1 || show_help) { fprintf(stderr, "%s\n", usage); exit(1); } ���������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������debian/patches/binutils-gold.patch������������������������������������������������������������������0000644�0000000�0000000�00000002412�11533173506�014415� 0����������������������������������������������������������������������������������������������������ustar ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������Description: add explicit link with libX11 as this is required by libgex.a. This fix a FTBFS with binutils-gold with the following error: "./libgex.a(graphgdkremote.o): undefined reference to symbol 'XFree'" Author: Fabrice Coutadeur <fabricesp@ubuntu.com> Forwarded: acedb@sanger.ac.uk --- acedb-4.9.39+dfsg.01.orig/wmake/LINUX_4_DEF +++ acedb-4.9.39+dfsg.01/wmake/LINUX_4_DEF @@ -28,7 +28,7 @@ COMPILER = gcc $(COPT) -Wall -DACEDB4 ` LINKER = gcc $(COPT) # The arg to libs-config is used if our private copy not installed. -LIBS = -L/usr/X11R6/lib `../w3rdparty/libs-config $(GTKVER)` -lm -lcurses -lreadline +LIBS = -L/usr/X11R6/lib `../w3rdparty/libs-config $(GTKVER)` -lm -lcurses -lreadline -lX11 ### Linux uses flex to emulate the standard 'lex' program LEX_LIBS = -lfl --- acedb-4.9.39+dfsg.01.orig/wmake/LINUX_64_DEF +++ acedb-4.9.39+dfsg.01/wmake/LINUX_64_DEF @@ -28,7 +28,7 @@ COMPILER = gcc $(COPT) -Wall -DACEDB4 ` LINKER = gcc $(COPT) # The arg to libs-config is used if our private copy not installed. -LIBS = -L/usr/X11R6/lib `../w3rdparty/libs-config $(GTKVER)` -lm -lcurses -lreadline +LIBS = -L/usr/X11R6/lib `../w3rdparty/libs-config $(GTKVER)` -lm -lcurses -lreadline -lX11 ### Linux uses flex to emulate the standard 'lex' program LEX_LIBS = -lfl ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������debian/patches/efetch_help.patch��������������������������������������������������������������������0000644�0000000�0000000�00000014035�11416557102�014111� 0����������������������������������������������������������������������������������������������������ustar ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������Index: acedb-4.9.39/w9/efetch.c =================================================================== --- acedb-4.9.39.orig/w9/efetch.c 2010-07-10 22:02:36.000000000 +0200 +++ acedb-4.9.39/w9/efetch.c 2010-07-10 22:50:51.000000000 +0200 @@ -126,25 +126,85 @@ -s <#> Start at position #\n\ -e <#> Stop at position #\n\ -o More options and info...\n\ + -h shows this usage text\n\ \n\ by Erik Sonnhammer (esr@sanger.ac.uk)\n\ Version 2.1, "; - if (!(usage = malloc(strlen(usageText) + 102))) { - fprintf(stderr, "Malloc error\n"); - exit(1); - } + char *help; + static char helpText[] = "\n\ + EFETCH - retrieve entries from sequence databases.\n\ +\n\ + Synopsis: efetch -options [database:]<query> \n\ +\n\ + Databases: SWissprot/SP, PIR, WOrmpep/WP, EMbl, GEnbank/GB, ProDom, ProSite\n\ +\n\ + Options:\n\ + -a Search with Accession number\n\ + -f Fasta format output\n\ + -q Sequence only output (one line)\n\ + -s <#> Start at position #\n\ + -e <#> Stop at position #\n\ + -o More options and info...\n\ +\n\ + -D <dir> Specify database directory\n\ + -H Display index header data\n\ + -p Display entrynames in search path\n\ + -r Print sequence in 'raw' format\n\ + -m Fetch from mixed mini database\n\ + -M Mini format output\n\ + -b Do NOT reverse the order of bytes\n\ + (SunOS, IRIX do reverse, Alpha not)\n\ + -d <dbfile> Specify database file (avoid this)\n\ + -i <idxfile> Specify index file (avoid this)\n\ + -l <divfile> Specify division lookup table (avoid this)\n\ + -B <database> Specify database (archaic)\n\ + -A Only return entryname for accession number\n\ + -n <name> Give the sequence this name\n\ + -x Don't require query to match entry's name exactly (avoid)\n\ + -w For Wormpep: also fetch cross-referenced SwissProt entry\n\ + -h shows this help text\n\ +\n\ +\n\ + Environment:\n\ + SWDIR = SwissProt directory - database and EMBL index files\n\ + PIRDIR = PIR -- \" --\n\ + WORMDIR = Wormpep -- \" --\n\ + EMBLDIR = EMBL -- \" --\n\ + GBDIR = Genbank -- \" --\n\ + PRODOMDIR = ProDom -- \" --\n\ + PROSITEDIR = ProSite -- \" --\n\ + DBDIR = User's own -- \" -- (fasta format)\n\ +\n\ + SEQDB database file (default SwissProt)\n\ + SEQDBIDX index file\n\ + DIVTABL division lookup table\n\ +\n\ + Ex. setenv DBDIR /pubseq/seqlibs/embl/\n\ +\n\ + Note that Prodom family consensus seqs can be fetched by PD:_#\n\n\ + by Erik Sonnhammer (esr@sanger.ac.uk)\n\ + Version 2.1, "; - strcpy(usage, usageText); - strncat(usage, cc_date, 100); - strcat(usage, "\n"); + // check if any argument is --help or -help + for(i=1; i<argc; i++) { + if (0 == strncmp("--help",argv[i],6) || 0 == strncmp("-help",argv[i],5)) { + if (!(help = malloc(strlen(helpText) + 102))) { + fprintf(stderr, "Malloc error\n"); + exit(1); + } + strcpy(help, helpText); + strncat(help, cc_date, 100); + strcat(help, "\n"); + fprintf(stderr,"%s\n",helpText); + exit(0); + } + } /* parse command line */ while ((optc = getopt(argc, argv, optstring)) != -1) switch (optc) { - case 'h': - fprintf(stderr, "\n%s\n", usage); exit(1); case 'B': strcpy(dbsource, optarg); break; case 'a': @@ -166,43 +226,16 @@ strcpy(dbfile, optarg); break; case 'H': display_head=1; break; + case 'h': case 'o': - printf("\n\ - -D <dir> Specify database directory\n\ - -H Display index header data\n\ - -p Display entrynames in search path\n\ - -r Print sequence in 'raw' format\n\ - -m Fetch from mixed mini database\n\ - -M Mini format output\n\ - -b Do NOT reverse the order of bytes\n\ - (SunOS, IRIX do reverse, Alpha not)\n\ - -d <dbfile> Specify database file (avoid this)\n\ - -i <idxfile> Specify index file (avoid this)\n\ - -l <divfile> Specify division lookup table (avoid this)\n\ - -B <database> Specify database (archaic)\n\ - -A Only return entryname for accession number\n\ - -n <name> Give the sequence this name\n\ - -x Don't require query to match entry's name exactly (avoid)\n\ - -w For Wormpep: also fetch cross-referenced SwissProt entry\n\ -\n\ -\n\ - Environment variables:\n\ - SWDIR = SwissProt directory - database and EMBL index files\n\ - PIRDIR = PIR -- \" --\n\ - WORMDIR = Wormpep -- \" --\n\ - EMBLDIR = EMBL -- \" --\n\ - GBDIR = Genbank -- \" --\n\ - PRODOMDIR = ProDom -- \" --\n\ - PROSITEDIR = ProSite -- \" --\n\ - DBDIR = User's own -- \" -- (fasta format)\n\ -\n\ - SEQDB database file (default SwissProt)\n\ - SEQDBIDX index file\n\ - DIVTABL division lookup table\n\ -\n\ - Ex. setenv DBDIR /pubseq/seqlibs/embl/\n\ -\n\ - Note that Prodom family consensus seqs can be fetched by PD:_#\n\n"); + if (!(help = malloc(strlen(helpText) + 102))) { + fprintf(stderr, "Malloc error\n"); + exit(1); + } + strcpy(help, helpText); + strncat(help, cc_date, 100); + strcat(help, "\n"); + fprintf(stderr,"%s\n",helpText); exit(0); case 'p': search = 1; break; @@ -229,8 +262,19 @@ strcpy(customName, optarg); break; case 'w': wormpep2swiss = 1; break; + case '-': + // omit option indicator + break; default: + if (!(usage = malloc(strlen(usageText) + 102))) { + fprintf(stderr, "Malloc error\n"); + exit(1); + } + strcpy(usage, usageText); + strncat(usage, cc_date, 102); + strcat(usage, "\n"); fprintf(stderr, "\n%s\n", usage); exit(1); + break; } if (argc - optind != 1) ���������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������debian/patches/dotter_help.patch��������������������������������������������������������������������0000644�0000000�0000000�00000001426�11416557102�014154� 0����������������������������������������������������������������������������������������������������ustar ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������Index: acedb-4.9.39/w9/dotterMain.c =================================================================== --- acedb-4.9.39.orig/w9/dotterMain.c 2010-07-10 23:18:41.000000000 +0200 +++ acedb-4.9.39/w9/dotterMain.c 2010-07-10 23:27:00.000000000 +0200 @@ -230,6 +230,16 @@ usage = messalloc(strlen(usageText) + strlen(dotterVersion) + strlen(cc_date) + 20); sprintf(usage, "%s%s, compiled %s\n", usageText, dotterVersion, cc_date); + // check if any argument is --help or -help + int i; + for(i=1; i<argc; i++) { + if (0 == strncmp("--help",argv[i],6) || 0 == strncmp("-help",argv[i],5)) { + fprintf(stderr,"%s\n",usage); + exit(0); + } + } + + while ((optc = getopt(argc, argv, optstring)) != EOF) switch (optc) ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������debian/patches/no-curses.patch����������������������������������������������������������������������0000644�0000000�0000000�00000001620�11650351675�013564� 0����������������������������������������������������������������������������������������������������ustar ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������--- acedb-4.9.39+dfsg.01.orig/wmake/LINUX_64_DEF +++ acedb-4.9.39+dfsg.01/wmake/LINUX_64_DEF @@ -28,7 +28,7 @@ LINKER = gcc $(COPT) # The arg to libs-config is used if our private copy not installed. -LIBS = -L/usr/X11R6/lib `../w3rdparty/libs-config $(GTKVER)` -lm -lcurses -lreadline -lX11 +LIBS = -L/usr/X11R6/lib `../w3rdparty/libs-config $(GTKVER)` -lm -lreadline -lX11 ### Linux uses flex to emulate the standard 'lex' program LEX_LIBS = -lfl --- acedb-4.9.39+dfsg.01.orig/wmake/LINUX_4_DEF +++ acedb-4.9.39+dfsg.01/wmake/LINUX_4_DEF @@ -28,7 +28,7 @@ LINKER = gcc $(COPT) # The arg to libs-config is used if our private copy not installed. -LIBS = -L/usr/X11R6/lib `../w3rdparty/libs-config $(GTKVER)` -lm -lcurses -lreadline -lX11 +LIBS = -L/usr/X11R6/lib `../w3rdparty/libs-config $(GTKVER)` -lm -lreadline -lX11 ### Linux uses flex to emulate the standard 'lex' program LEX_LIBS = -lfl ����������������������������������������������������������������������������������������������������������������debian/patches/series�������������������������������������������������������������������������������0000644�0000000�0000000�00000000176�11650346163�012043� 0����������������������������������������������������������������������������������������������������ustar ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������blxview_gtk_namespace_conflict.patch belvu_help.patch efetch_help.patch dotter_help.patch binutils-gold.patch no-curses.patch ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������debian/patches/blxview_gtk_namespace_conflict.patch�������������������������������������������������0000644�0000000�0000000�00000002106�11416557102�020061� 0����������������������������������������������������������������������������������������������������ustar ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������Index: acedb-4.9.39/w9/blxview.c =================================================================== --- acedb-4.9.39.orig/w9/blxview.c 2010-07-10 20:55:11.000000000 +0200 +++ acedb-4.9.39/w9/blxview.c 2010-07-10 20:57:14.000000000 +0200 @@ -3447,7 +3447,7 @@ /******************************************************************************** ** BIG PICTURE ROUTINES *** ********************************************************************************/ -static void GSettings(GtkButton *button, gpointer args) +static void blixemGSettings(GtkButton *button, gpointer args) // namespace conflict, there is "typedef struct _GSettings GSettings;" in /usr/include/glib-2.0/gio/giotypes.h { blixemSettings(); } @@ -3583,7 +3583,7 @@ item = makeNewToolbarButton(GTK_TOOLBAR(toolbar), "Settings", "Open the Preferences Window", - (GtkSignalFunc)GSettings) ; + (GtkSignalFunc)blixemGSettings) ; item = makeNewToolbarButton(GTK_TOOLBAR(toolbar), "Goto", "Go to specified co-ordinates", ����������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������debian/acedb-other.install��������������������������������������������������������������������������0000644�0000000�0000000�00000000017�11416557103�012734� 0����������������������������������������������������������������������������������������������������ustar ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������usr/bin/efetch �����������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������debian/acedb-other-dotter.manpages������������������������������������������������������������������0000644�0000000�0000000�00000000020�11416557103�014352� 0����������������������������������������������������������������������������������������������������ustar ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������debian/dotter.1 ����������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������debian/watch����������������������������������������������������������������������������������������0000644�0000000�0000000�00000000176�11532647634�010236� 0����������������������������������������������������������������������������������������������������ustar ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������version=3 opts=dversionmangle=s/\+dfsg.*$// \ ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/acedb/SUPPORTED/ACEDB-source\.([0-9.]+)\.tar\.gz ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������debian/belvu.1��������������������������������������������������������������������������������������0000644�0000000�0000000�00000005430�11416557103�010372� 0����������������������������������������������������������������������������������������������������ustar ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������.\" This file was generated by help2man 1.36 and then .\" manually tweaked a bit. .TH BELVU "1" "August 2009" "belvu 2.19" "User Commands" .SH NAME belvu \- View multiple alignments in good\-looking colours. .SH SYNOPSIS belvu [options] <multiple_alignment>|\- [X options] .IP <multiple_alignment>|\- = alignment file or pipe. .SH DESCRIPTION Belvu presents multiple sequence alignments in a colourful biologically interpretable manner. .SH OPTIONS \fB\-c\fR Print Conservation table. .HP \fB\-l\fR <file> Load color code file. .HP \fB\-L\fR <file> Load Markup color code file. .HP \fB\-m\fR <file> Read file with matching sequence segments. .HP \fB\-r\fR Read alignment in 'raw' format (Name sequence). .HP \fB\-R\fR Do not parse coordinates when reading alignment. .HP \fB\-o\fR <format> Write alignment or tree to stdout in this format and exit. .IP Valid formats: MSF, Mul(Stockholm), Selex, .IP FastaAlign, Fasta, tree. .HP \fB\-n\fR <cutoff> Make non\-redundant to <cutoff> %identity at startup. .HP \fB\-Q\fR <cutoff> Remove columns more gappy than <cutoff>. .HP \fB\-q\fR <cutoff> Remove sequences more gappy than <cutoff>. .TP \fB\-P\fR Remove partial sequences at startup. .TP \fB\-C\fR Don't write coordinates to saved file. .TP \fB\-z\fR <char> Separator char between name and coordinates in saved file. .TP \fB\-a\fR Show alignment annotations on screen (Stockholm format only). .TP \fB\-p\fR Output random model probabilites for HMMER. .IP (Based on all residues.) .TP \fB\-S\fR <order> Sort sequences in this order. .IP a \-> alphabetically o \-> by Swissprot organism, alphabetically s \-> by score n \-> by Neighbor\-joining tree u \-> by UPGMA tree S \-> by similarity to first sequence i \-> by identity to first sequence .TP \fB\-s\fR <file> Read in file of scores. .HP \fB\-T\fR <method> Start up with tree calculated by method: .IP n \-> Neighbor\-joining u \-> UPGMA N \-> Neighbor\-joining, only show tree U \-> UPGMA, only show tree c \-> Don't color tree by organism o \-> Don't display sequence coordinates in tree s \-> Use Storm & Sonnhammer distance correction r \-> Use uncorrected distances .TP \fB\-b\fR <#> Print out # bootstrapped trees and exit .IP (Negative value \-> display bootstrap trees on screen) .TP \fB\-O\fR <label> Read organism info after this label (default OS) .TP \fB\-t\fR <title> Set window title. .TP \fB\-g\fR Draw grid line (for debugging). .TP \fB\-u\fR Start up with uncoloured alignment (faster). .TP \fB\-h\fR Show this help. .TP \fB\-v\fR Show version info. .IP Some X options: \fB\-acefont\fR <font> Main font. \fB\-font\fR <font> Menu font. .SH "SEE ALSO" For documentation, see: http://www.cgb.ki.se/cgb/groups/sonnhammer/Belvu.html .SH AUTHOR Erik Sonnhammer <Erik.Sonnhammer@cgb.ki.se> .SH VERSION Version 2.16, compiled Aug 18 2009 ����������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������debian/changelog������������������������������������������������������������������������������������0000644�0000000�0000000�00000005654�11675301023�011050� 0����������������������������������������������������������������������������������������������������ustar ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������acedb (4.9.39+dfsg.01-5) unstable; urgency=low [ DMPT ] [Thorsten Alteholz] * debian/rules: get-orig-source moves target into ../tarballs [ A. Costa ] * debian/efetch.1: typo correction (Closes: #650471). [ Andreas Tille ] * debian/efetch.1: Remove remark about popcon which is not relevant for a manpage -- Andreas Tille <tille@debian.org> Sat, 24 Dec 2011 08:38:00 +0100 acedb (4.9.39+dfsg.01-4) unstable; urgency=low * debian/patches/no-curses.patch: Do not build against ncurses Closes: #646133 -- Andreas Tille <tille@debian.org> Fri, 21 Oct 2011 21:58:00 +0200 acedb (4.9.39+dfsg.01-3) unstable; urgency=low * Build-Depends: libreadline-dev (instead of libreadline5-dev) Closes: #634442 * Standards-Version: 3.9.2 (no changes needed) * Debhelper 8 (control+compat) * Fixed Vcs fields -- Andreas Tille <tille@debian.org> Tue, 19 Jul 2011 08:16:10 +0200 acedb (4.9.39+dfsg.01-2) unstable; urgency=low * Applied Ubuntu patch to Debian packaging (thanks to Fabrice Coutadeur) Closes: #615690 * debian/watch: mangle version with dfsg -- Andreas Tille <tille@debian.org> Mon, 28 Feb 2011 08:25:33 +0100 acedb (4.9.39+dfsg.01-1ubuntu1) natty; urgency=low * binutils-gold.patch: patch wmake/LINUX_64_DEF and wmake/LINUX_$_DEF to add explicit link with libX11. This fixes a FTBFS with binutils-gold. -- Fabrice Coutadeur <fabricesp@ubuntu.com> Fri, 05 Nov 2010 06:09:02 +0000 acedb (4.9.39+dfsg.01-1) unstable; urgency=low * Corrected for rfc files had somehow sneaked into the uploaded source tree (Closes: #591506) * Added get-orig-source target to debian/rules automating the clensing. -- Steffen Moeller <moeller@debian.org> Mon, 09 Aug 2010 21:45:21 +0200 acedb (4.9.39-3) unstable; urgency=low [Andreas Tille] * Group maintenance, added myself to uploaders * Somebody has provided upstream-metadata.yaml, just mention this in changelog * Standards-Version: 3.9.1 (no changes needed) * Build-Depends: pkg-config, csh Closes: #589065 Remark: Better than Build-Depending csh would be to port the scripts in w3rdparty to POSIX * Added other missing Build-Depends: flex, bison * debian/source/format: 3.0 (quilt) -- Andreas Tille <tille@debian.org> Mon, 09 Aug 2010 17:10:08 +0200 acedb (4.9.39-2) unstable; urgency=low * Cleanups in debian/copyright reaction to previous rejection (Closes: #542068) * Completed man pages - by adding --help as an acceptable argument - with the help of help2man and some - considerable manual editing -- Steffen Moeller <moeller@debian.org> Sun, 11 Jul 2010 06:27:12 +0200 acedb (4.9.39-1) experimental; urgency=low * A first part of ACEDB is packaged - the belvu alignment viewer - the dotter pairwise alignment viewer - the efetch tool to retrieve sequences * No extra effort like for man pages invested -- Steffen Moeller <moeller@debian.org> Mon, 17 Aug 2009 14:39:57 +0200 ������������������������������������������������������������������������������������debian/dotter.1�������������������������������������������������������������������������������������0000644�0000000�0000000�00000003514�11416557103�010557� 0����������������������������������������������������������������������������������������������������ustar ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������.\" This file was generated by help2man 1.37.1 and then manually edited. .TH DOTTER: "1" "July 2010" .SH NAME dotter \- Sequence dotplots with image enhancement tools. .SH SYNOPSIS dotter [options] <horizontal_sequence> <vertical_sequence> [X options] .SH DESCRIPTION .IP Reference: Sonnhammer ELL & Durbin R (1995). A dot\-matrix program with dynamic threshold control suited for genomic DNA and protein sequence analysis. Gene 167(2):GC1\-10. .TP .TP Allowed types: Protein \- Protein DNA \- DNA DNA \- Protein .IP Options: .TP \fB\-b\fR <file> Batch mode, write dotplot to <file> .TP \fB\-l\fR <file> Load dotplot from <file> .TP \fB\-m\fR <float> Memory usage limit in Mb (default 0.5) .TP \fB\-z\fR <int> Set zoom (compression) factor .TP \fB\-p\fR <int> Set pixel factor manually (ratio pixelvalue/score) .TP \fB\-W\fR <int> Set sliding window size. (K => Karlin/Altschul estimate) .TP \fB\-M\fR <file> Read in score matrix from <file> (Blast format; Default: Blosum62). .TP \fB\-F\fR <file> Read in sequences and data from <file> (replaces sequencefiles). .TP \fB\-f\fR <file> Read feature segments from <file> .TP \fB\-H\fR Do not calculate dotplot at startup. .TP \fB\-R\fR Reversed Greyramp tool at start. .TP \fB\-r\fR Reverse and complement horizontal_sequence (DNA vs Protein) .TP \fB\-D\fR Don't display mirror image in self comparisons .TP \fB\-w\fR For DNA: horizontal_sequence top strand only (Watson) .TP \fB\-c\fR For DNA: horizontal_sequence bottom strand only (Crick) .TP \fB\-q\fR <int> Horizontal_sequence offset .TP \fB\-s\fR <int> Vertical_sequence offset .IP Some X options: \fB\-acefont\fR <font> Main font. \fB\-font\fR <font> Menu font. .SH SEE ALSO http://www.cgb.ki.se/cgb/groups/sonnhammer/Dotter.html for more info. .SH AUTHOR Erik.Sonnhammer@cgb.ki.se Version 3.1, compiled Jul 10 2010 ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������debian/acedb-other-belvu.manpages�������������������������������������������������������������������0000644�0000000�0000000�00000000017�11242522465�014174� 0����������������������������������������������������������������������������������������������������ustar ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������debian/belvu.1 �����������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������debian/compat���������������������������������������������������������������������������������������0000644�0000000�0000000�00000000002�11611220623�010356� 0����������������������������������������������������������������������������������������������������ustar ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������8 ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������debian/acedb-other-belvu.install��������������������������������������������������������������������0000644�0000000�0000000�00000000016�11416557103�014046� 0����������������������������������������������������������������������������������������������������ustar ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������usr/bin/belvu ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������debian/efetch.1�������������������������������������������������������������������������������������0000644�0000000�0000000�00000004443�11675300517�010520� 0����������������������������������������������������������������������������������������������������ustar ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������.\" This file was generated by help2man 1.37.1 with some additional .\" manual editing. .TH EFETCH "1" "July 2010" .SH NAME efetch \- retrieve entries from sequence databases. .SH SYNOPSIS efetch \fB\-options\fR [database:]<query> .SH DESCRIPTION In the late 90s efetch was a very popular tool to extremely quickly retrieve entries from the most common public bioinformatics sequence and motif databases. .SH DATABASES SWissprot/SP, PIR, WOrmpep/WP, EMbl, GEnbank/GB, ProDom, ProSite .SH OPTIONS: \fB\-a\fR Search with Accession number .HP \fB\-f\fR Fasta format output .HP \fB\-q\fR Sequence only output (one line) .HP \fB\-s\fR <#> Start at position # .HP \fB\-e\fR <#> Stop at position # .HP \fB\-o\fR More options and info... .HP \fB\-D\fR <dir> Specify database directory .HP \fB\-H\fR Display index header data .HP \fB\-p\fR Display entrynames in search path .HP \fB\-r\fR Print sequence in 'raw' format .HP \fB\-m\fR Fetch from mixed mini database .HP \fB\-M\fR Mini format output .HP \fB\-b\fR Do NOT reverse the order of bytes (SunOS, IRIX do reverse, Alpha not) .HP \fB\-d\fR <dbfile> Specify database file (avoid this) .HP \fB\-i\fR <idxfile> Specify index file (avoid this) .HP \fB\-l\fR <divfile> Specify division lookup table (avoid this) .HP \fB\-B\fR <database> Specify database (archaic) .HP \fB\-A\fR Only return entryname for accession number .HP \fB\-n\fR <name> Give the sequence this name .HP \fB\-x\fR Don't require query to match entry's name exactly (avoid) .HP \fB\-w\fR For Wormpep: also fetch cross\-referenced SwissProt entry .HP \fB\-h\fR shows this help text .SH ENVIRONMENT SWDIR = SwissProt directory \- database and EMBL index files PIRDIR = PIR \fB\-\-\fR " \fB\-\-\fR WORMDIR = Wormpep \fB\-\-\fR " \fB\-\-\fR EMBLDIR = EMBL \fB\-\-\fR " \fB\-\-\fR GBDIR = Genbank \fB\-\-\fR " \fB\-\-\fR PRODOMDIR = ProDom \fB\-\-\fR " \fB\-\-\fR PROSITEDIR = ProSite \fB\-\-\fR " \fB\-\-\fR DBDIR = User's own \fB\-\-\fR " \fB\-\-\fR (fasta format) .TP SEQDB database file (default SwissProt) .IP SEQDBIDX index file DIVTABL division lookup table .IP Ex. setenv DBDIR /pubseq/seqlibs/embl/ .IP Note that Prodom family consensus seqs can be fetched by PD:_# .SH AUTHOR Erik Sonnhammer (esr@sanger.ac.uk) �����������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������debian/control��������������������������������������������������������������������������������������0000644�0000000�0000000�00000003616�11611220664�010576� 0����������������������������������������������������������������������������������������������������ustar ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������Source: acedb Section: science Priority: extra Maintainer: Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> DM-Upload-Allowed: yes Uploaders: Steffen Moeller <moeller@debian.org>, Andreas Tille <tille@debian.org> Build-Depends: debhelper (>= 8), libreadline-dev, libglib2.0-dev, libgtk2.0-dev, quilt, pkg-config, csh, flex, bison Standards-Version: 3.9.2 Homepage: http://www.acedb.org/ Vcs-Svn: svn://svn.debian.org/debian-med/trunk/packages/acedb/trunk Vcs-Browser: http://svn.debian.org/wsvn/debian-med/trunk/packages/acedb/trunk Package: acedb-other-dotter Provides: dotter Architecture: any Depends: ${shlibs:Depends}, ${misc:Depends} Description: visualisation of sequence similarity For the analysis of biological sequences, a general principle is to corresponding regions between related proteins, RNA or DNA. . Dotter displays graphically the similarity of DNA or protein sequence to itself or another sequence. Package: acedb-other-belvu Provides: belvu Architecture: any Depends: ${shlibs:Depends}, ${misc:Depends} Description: multiple sequence alignment editor For the analysis of biological sequences, a general principle is to corresponding regions between related proteins, RNA or DNA. Written next to each other, corresponding positions above each other, one has prepared an alignment. . Belvu is best known for its perfect implementation of the Stockholm format of multiple sequence alignments, since upstream is maintaining that. That is for instance used in the Pfam and Rfam databases. Package: acedb-other Provides: efetch Architecture: any Depends: ${shlibs:Depends}, ${misc:Depends} Description: retrieval of DNA or protein sequences This package collects all those smallish applications that acedb collects under its 'other' target of its Makefile. . efetch: presumably short for 'entry fetch' collects sequence information from common DNA and protein databases. ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������